Falls man etwas Zeit hat, braucht man in Berlin zum Glück (noch) keinen Makler. Wir sind mittlerweile vier Mal in Berlin umgezogen und haben noch nie Maklergebühren gezahlt.
Ein guter Tipp abseits der üblichen ist http://www.studenten-wg.de/angebote_lesen.html?fuer=3-Zimmer-Wohnung , da können nämlich nicht nur WGs und Wohnungen für Studenten abgegriffen werden - und alle Angebote sind ohne Makler. Nachteil ist, dass es selten mit Fotos ist.
Sehr gut ist auch http://host1.tagesspiegel.de/kleinanzeigen/lesen/ , die Kleinanzeigen der Zitty. Ansonsten das übliche:
http://immonet.morgenpost.de/ ( das kombinierte Angebot von Immonet, gut, vieles mit Makler mittlerweile)
http://www.immobilienscout24.de/ (Riesenangebot, vieles mit Makler)
und spezielle Zeitungen wie Zweite Hand und Such und Find, die allerdings Geld kosten, aber sehr gut sind (viele Angebote, viel preisgünstiges und viel ohne Makler).